微生物肥料可用于拌种、浸种、蘸根、做底肥、追肥，沟施或穴施。但以拌种最为简便、经济、有效。其拌种方法是将固体菌肥加清水调至糊状或液体菌剂加清水稀释，然后与种子充分搅拌，稍晾干后播种，并立即覆土。有的菌肥也可以和化肥同时拌用作底肥。
想让微生物菌肥施用好我来给你支巧招：
1.产品本身：
(1)有效期。存放时间超过有效期的微生物肥料不要使用，目前我国微生物肥料有效菌存活时间超过1年的不多，所以选购的微生物肥料要尽快使用，过期的微生物肥料效果肯定不好。也有一些微生物肥料可以存放比较长，拿金宝贝微生物菌肥来说，可以正常存放2年，如果超过4年的话，其菌种的休眠状态可能被破坏。
(2)菌数。有效活菌数达不到标准的微生物肥料不能购买，国家规定微生物菌剂有效活菌数≥2亿/克(颗粒1亿/克)，复合微生物肥料和生物有机肥有效活菌数≥2000万/克。如果达不到这一标准，说明产品质量达不到要求。金宝贝微生物菌肥中的有效活效菌数，大约在5～9亿/克。
2.使用时条件：
(1)时期。生物菌肥不是速效肥，在作物的营养临界期和营养大量吸收期前7-10天施用，效果最佳。
(2)温度。施用菌肥的最佳温度是25-37摄氏度，低于5摄氏度，高于45摄氏度，施用效果较差。对高温、低温、干旱条件下的农作物田块不宜施用。同时还应掌握固氮菌最适温度土壤的含水量是60%-70%。
(3)地点。对含硫高的土壤和锈水田，不宜施用生物菌肥，因为硫能杀死生物菌。对于翻浆的水田，一般不用撒施，用喷雾的方法效果会好些。
(4)用量。对于已多年施用化肥的田块，施用生物菌肥时不能大量减少化肥和有机肥的施用量，因农作物对化肥产生了依赖性，用生物菌肥取代化肥不能一下子适应。因此，其取代量应做到第一、第二、第三年分别取代30%、40%和60%，磷、钾肥只能补足，不能减少。
(5)混合。应注意，不应将菌肥与杀菌剂、杀虫剂、除草剂和含硫的化肥(如硫酸钾等)以及稻草灰混合用，因为这些药、肥，很容易杀死生物菌。或者先施菌肥，隔48小时后，再打药除草。若拌种，切忌和已拌好杀菌剂的种子混合使用。还应防止与未腐熟的农家肥混肥。